UNUJA didirikan dengan mandat untuk mengembangkan diri sebagai pusat peradaban baru dibidang pendidikan tinggi berasaskan nilai-nilai kepesantrenan berdasarkan Pancasila demi kepentingan kemanusiaan dan perkembangan bangsa Indonesia. Dalam menjalankan mandatnya, UNUJA dituntut untuk meningkatkan kualitas dan relevansi pendidikan tinggi yang adaptif dan responsif dalam membantu memecahkan berbagai persoalan bangsa. Oleh karena itu, UNUJA harus mengantisipasi perubahan multi dimensi yang cepat dalam skala nasional dan global yang berpengaruh terhadap aspek kehidupan sosial, politik, ekonomi, hukum, dan kebudayaan.

Berbagai upaya yang telah dilakukan UNUJA untuk menghadapi keadaan tersebut antara lain pembentukan Lembaga Pengembangan Profesionalitas Dan Kewirausahaan (LPPK) yang khusus menangani peningkatan karir tenaga pendidik dan kependidikan, serta pengembangan inkubasi bisnis dari produk penelitian dan kreatifitas mahasiswa.Adapun untuk menjalankan kegiatannya LPPK berpedoman pada renstra LPPK 2018-2022 yang berlandaskan pada renstra UNUJA 2018-2022. Misi UNUJA pada tahun 2022 adalah "Menjadi Perguruan Tinggi Berkeadaban Yang Memiliki Basis Tata Kelola Unggul (Good Governance University) dalam Mengembangkan Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Seni Berdasarkan Trilogi dan Pancakesadaran Pesantren Nurul Jadid, Berjiwa Kewirausahaan dan Berwawasan Keindonesiaan Tahun 2022". Misi tersebut digunakan sebagai dasar pengambilan keputusan dan penyusunan Rencana Strategi, Rencana Operasional dan Rencana Kegiatan dan Anggaran Tahunan (RKAT) LPPK.